04Avr/22

Génome chloroplastique de la Dauphinelle des montagnes

Il y a peu d’espoir que les dernières populations pyrénéennes de Dauphinelle des montagnes (Delphinium montanum) survivent au changement climatique, mais nous avons profité de l’étude de génomique des populations entreprise dans le cadre du projet Interreg-POCTEFA ‘Floralab’ pour séquencer, assembler et annoter le génome chloroplastique de l’espèce et publier ce résultat dans une note technique. Pour ce faire, nous avons utilisé deux technologies complémentaires de séquençage haut-débit de l’ADN, la technologie Illumina qui produit une grande quantité de lecture avec un très faible taux d’erreur et la technologie Nanopore, qui certes produit moins de lectures et possède un taux d’erreur plus conséquent, mais a l’avantage de fournir des lectures beaucoup longues. La longueur de ces lectures favorise l’assemblage de régions en général problématiques que sont les régions riches en motifs répétés de la molécule d’ADN. Nous avons ainsi pu reconstituer avec succès les pièces de ce puzzle assez complexe et replacer Delphinium montanum dans l’arbre du vivant à partir de la séquence de son génome chloroplastique.

19Mar/22

Peu d’espoir pour la Dauphinelle des montagnes

Dauphinelle des montagnes (Photo Joris Bertrand)

Peu d’espoir pour la Dauphinelle des montagnes, c’est en somme le titre et la conclusion de notre dernière étude. Une approche de génomique des populations nous a permis de confirmer que les quelques populations restantes de cette espèce endémique des massifs montagneux de l’Est des Pyrénées sont  isolées les unes des autres, comme coincées sur des îles, sans perspective réelle d’échanges qui pourraient naturellement limiter les conséquences délétères de la consanguinité. Parmi les différentes menaces qui guettent, c’est cependant le changement climatique qui va probablement donner le coup de grâce à cette espèce. Une approche de modélisation de niche écologique nous permet ainsi de prédire que l’étendue de l’habitat favorable à l’espèce va se réduire comme peau de chagrin, peut-être -75% au cours des deux prochaines décennies, jusqu’à disparaître avant la fin du siècle. 

Ce que nous pouvons dire de cette espèce sur la base de cette étude pourrait malheureusement résumer la situation de tout ou partie de la communauté végétale voire de l’écosystème dans lequel on trouve la dauphinelle des montagnes.

L’avenir nous dira si on avait été pessimistes ou réalistes…

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ece3.8711

11Sep/20

Recrutement Stagiaire M2

Echantillonnage de Delphinium montanum (Photo J. Bertrand)

Dans le cadre du projet Interreg POCTEFA ‘FLORALAB’ (porté par les réserves naturelles catalanes), nous recrutons un.e étudiant.e de Master 2 pour le premier semestre 2021 sur la génomique de la conservation de Delphinium montanum, une espèce de plante menacée, endémique de la partie orientale des Pyrénées (date limite de candidature: 15/10/2020).